Bắt đầu từ năm 2014 thực hiện theo Thông tư 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014, khi doanh nghiệp thực hiện đặt in hóa đơn lần đầu phải nộp một bộ hồ sơ tại cơ quan thế quản lý trực tiếp gồm có:
1. Đề nghị sử dụng hóa đơn đặt in (Mẫu số 3.14 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014) (3 bản)
2. Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (03 bản sao chứng thực)
3. Mẫu số 06/GTGT có xác nhận của cơ quan thuế đối với doanh nghiệp thành lập trước năm 2014 (03 bản photo)
Trong thời gian 5 ngày làm việc cơ quan thuế quản lý trực tiếp cử cán bộ thuế kiểm tra doanh nghiệp tại trụ sở.
- Nếu đạt doanh nghiệp nhận được văn bản chấp thuận được đặt in hóa đơn,
- Không đạt doanh nghiệp thực hiện khắc phục theo biên bản kiểm tra và làm hồ sơ đề nghị kiểm tra lại
Các giấy tờ cần chuẩn bị khi cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp:
- Toàn bộ hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp gồm: Đăng ký kinh doanh, đăng ký mẫu dấu, con dấu
- Hợp đồng thuê nhà (trên 6 tháng phải công chứng, dưới 6 tháng thì xuất trình bản sao sổ đỏ hoặc sổ hồng)
- Hợp đồng,hóa đơn đầu vào
- Hợp đồng bán ra nhằm chứng minh nhu cầu sử dụng hóa đơn
- Hợp đồng lao động và hồ sơ của lao động
- Một số cơ quan thuế yêu cầu hộ khẩu thường trú hoặc tạm trú của giám đốc